1525'te İstanbul'da doğmuştur. Babası Kanuni Sultan Süleyman ve annesi Hürrem Sultan'ın üçüncü şehzadeleridir. Kütahya, Konya ve Karaman sancak beyliklerinde bulunmuştur. Annesi Hürrem Sultan'ın koruması ile kendini tahtın varisi olarak görmeye başlamış ancak annesi Hürrem Sultan öldükten sonra güçsüz kalmıştır. Ablası Mihrimah Sultan'ın da Şehzade Selim'in tarafını tutmasıyla kendisine taraftar toplamaya başlamıştır. Babası ise henüz sağ iken kardeşi Şehzade Selim ile giriştiği taht mücadelesinde yenilmiş, sığındığı İran Şahı’nın sarayında babasının adamları tarafından oğulları ile birlikte boğularak öldürülmüştür.
Şehzade Bayezit 11 Kasım 1539’da erkek kardeşi Cihangir ile birlikte sünnet edildi. 1541’de Macaristan seferine katıldı. 1546’da Karaman Sancak Beyliği ile görevlendirildi. 1548’de II.İran seferine çıkan babasını Akşehir’de karşıladı. Kanuni 1553’te Nahcıvan Seferi (III.İran seferi)’ne çıkarken Bayezit’i taht muhafazası için Edirne’ye gönderdi. Ordu sefere giderken Konya’da Şehzade Mustafa’nın boğdurulması ve ardından Şehzade Cihangir’in de hastalanarak Halep’te hayatını kaybetmesi üzerine Bayezit, tahtın iki varisinden birisi olarak kaldı. Diğer varis, ağabeyi Şehzade Selim'di. Şehzade Mustafa’nın öldürülmesinden sonra ortaya çıkan Düzmece Mustafa olayında Şehzade Bayezit’in, isyancı kuvvetleri durdurmada ağır davrandığı, hatta bu isyanı onun düzenlediği iddiası ortaya atıldı. Kanuni’nin ona olan güveni sarsıldı, ancak yine de kendisini affedip Kütahya’ya gönderdi. Bayezit bunun üzerine babasına yazdığı mektupta “Ben kulunuzu muradına irgürdünüz” diyerek teşekkür etmiş ve kendisini tahtın varisi olarak görmeye başlamıştır.
Hürrem Sultan, oğullarından en çok karakter bakımından Kanuni’ye benzeyen Bayezit’in tahta geçmesini istiyordu. Yaşamı boyunca da onun koruyuculuğunu üstlenmiştir. Hatta Düzmece Mustafa olayında Bayezit’in, affedilmesini Hürrem Sultan’a borçlu olduğu söylenmektedir. Ancak Hürrem Sultan'ın 1558’de ölümünden sonra, Bayezit koruyucusuz kalmış ve kendine taraftar toplamaya girişmiştir. Bayezit’in Selim aleyhine harekete geçmesinde, Lala Mustafa Paşa’nın rolü olduğu düşünülür. Oğullarının taraftar toplamaya başlamaları üzerine Kanuni onları birbirlerinden uzaklaştırmış, 1558’de Selim’i Konya’ya, Bayezit’i ise Amasya’ya göndermiştir. Bayezit bunu kendisine bir hakaret saydı ve Kütahya’da kalmaya çalıştı. Ancak babasının ısrarları sonucu Amasya’ya gitmek zorunda kaldı. 21 Aralık 1558’de Amasya’ya vardı. Kanuni onu çeşitli vaadlerle oyalamaya çalışırken, o bir mektubunda babası için “Padişah olan yalan söyler mi?” dedi ve taraftar toplamaya devam etti. Kanuni, aynı şekilde Selim’in de asker toplamasını söylemiş ve Sokullu Mehmet Paşa’yı ona yardıma göndermiştir. Bu arada Bayezit’in sancağından çıkması isyan olarak değerlendirildi ve Şeyhulislam Ebusuud ve başka din adamları tarafından öldürülmesinin vacib olduğuna dair fetvalar verildi. Bu esnada Amasya’dan Ankara’ya gelmiş olan Bayezit, 29 Mayıs 1559’da Konya önlerinde Selim’in ordusuyla çarpıştı, ancak 2 gün süren savaşta düzenli ordu karşısında üstünlük sağlayamayıp yenildi. Bunun üzerine Amasya’ya dönüp ve müftü Muhyiddin Cürcani’yi, affedilmesini dilemesi için babasına gönderdi.
Kanuni, Bayezit'in af talebini reddedip yakalanmasını emredince Bayezit oğullarını alarak 7 Temmuz’da Amasya’dan çıktı. Ağustos ortalarında İran’a sığınmak zorunda kaldı. İran’da Şah Tahmasb tarafından Kazvin'de büyük bir törenle karşılanan Bayezit, onun aracılığıyla babasından affını diledi. Tahmasb, Selim ve Kanuni arasında Bayezit’in teslimi konusunda yazışma ve pazarlıklar yapıldı. Tahmasb’ın isteklerinden bir kısmını kabul etmek zorunda kalan Kanuni, ona 1.200.000 altın ödeyeceğini ve Kars Kalesi’i bırakacağını vaad etmiştir. Ayrıca Selim de padişah olduğunda, İran’la dost kalacağına dair bir ahidname vermiştir. Anlaşma sağlanınca Kazvin’e giden Osmanlı elçileri 25 Eylül 1561 tarihinde önce Bayezit’i ardından da oğullarını boğarak öldürdüler. Bayezit ve oğullarının cenazeleri Sivas’a getirilerek surların dışında bulunan "Melik-i Acem türbesi"'ne defnedilmiştir. Bu türbe Abdulvahabi Gazi Camii içerisinde bulunur. Şehzade Bayezit'in ölümünden sonra Bursa'ya nakledilen karısı bir kale içinde bekletilmiş ve yanında bulunan üç yaşındaki oğlu da öldürülmüştür.
Bayezit’in “Şahi” mahlasıyla yazdığı şiirleri, Türkçe ve Farsça şiirlerinden oluşan bir divanı vardır. Şiirlerinde saltanat arzusu, aşk, günahlarından bağışlanması için yakarış konularını işler. Babasından affını dilemek için yazdığı şiirleri ve babasının yine şiir olarak verdiği karşılıklar meşhurdur. Şehzade Bayezit olayından sonra, yeniçerilerin Anadolu’ya muhafız olarak yayılması ve şehzadelerden yalnızca en büyüğüne sancak verilmesi gibi idari değişikliklere gidilmiştir. Kendisine sadrazamlık vaadinde bulunan II.Selim’in tahta çıkmasını isteyen ve Bayezit’i babasına karşı isyana teşvik eden Lala Mustafa Paşa, ancak III.Murat zamanında yaklaşık 3 ay sadrazamlık yapabilmiştir.
Hürrem Sultan, oğullarından en çok karakter bakımından Kanuni’ye benzeyen Bayezit’in tahta geçmesini istiyordu. Yaşamı boyunca da onun koruyuculuğunu üstlenmiştir. Hatta Düzmece Mustafa olayında Bayezit’in, affedilmesini Hürrem Sultan’a borçlu olduğu söylenmektedir. Ancak Hürrem Sultan'ın 1558’de ölümünden sonra, Bayezit koruyucusuz kalmış ve kendine taraftar toplamaya girişmiştir. Bayezit’in Selim aleyhine harekete geçmesinde, Lala Mustafa Paşa’nın rolü olduğu düşünülür. Oğullarının taraftar toplamaya başlamaları üzerine Kanuni onları birbirlerinden uzaklaştırmış, 1558’de Selim’i Konya’ya, Bayezit’i ise Amasya’ya göndermiştir. Bayezit bunu kendisine bir hakaret saydı ve Kütahya’da kalmaya çalıştı. Ancak babasının ısrarları sonucu Amasya’ya gitmek zorunda kaldı. 21 Aralık 1558’de Amasya’ya vardı. Kanuni onu çeşitli vaadlerle oyalamaya çalışırken, o bir mektubunda babası için “Padişah olan yalan söyler mi?” dedi ve taraftar toplamaya devam etti. Kanuni, aynı şekilde Selim’in de asker toplamasını söylemiş ve Sokullu Mehmet Paşa’yı ona yardıma göndermiştir. Bu arada Bayezit’in sancağından çıkması isyan olarak değerlendirildi ve Şeyhulislam Ebusuud ve başka din adamları tarafından öldürülmesinin vacib olduğuna dair fetvalar verildi. Bu esnada Amasya’dan Ankara’ya gelmiş olan Bayezit, 29 Mayıs 1559’da Konya önlerinde Selim’in ordusuyla çarpıştı, ancak 2 gün süren savaşta düzenli ordu karşısında üstünlük sağlayamayıp yenildi. Bunun üzerine Amasya’ya dönüp ve müftü Muhyiddin Cürcani’yi, affedilmesini dilemesi için babasına gönderdi.
Kanuni, Bayezit'in af talebini reddedip yakalanmasını emredince Bayezit oğullarını alarak 7 Temmuz’da Amasya’dan çıktı. Ağustos ortalarında İran’a sığınmak zorunda kaldı. İran’da Şah Tahmasb tarafından Kazvin'de büyük bir törenle karşılanan Bayezit, onun aracılığıyla babasından affını diledi. Tahmasb, Selim ve Kanuni arasında Bayezit’in teslimi konusunda yazışma ve pazarlıklar yapıldı. Tahmasb’ın isteklerinden bir kısmını kabul etmek zorunda kalan Kanuni, ona 1.200.000 altın ödeyeceğini ve Kars Kalesi’i bırakacağını vaad etmiştir. Ayrıca Selim de padişah olduğunda, İran’la dost kalacağına dair bir ahidname vermiştir. Anlaşma sağlanınca Kazvin’e giden Osmanlı elçileri 25 Eylül 1561 tarihinde önce Bayezit’i ardından da oğullarını boğarak öldürdüler. Bayezit ve oğullarının cenazeleri Sivas’a getirilerek surların dışında bulunan "Melik-i Acem türbesi"'ne defnedilmiştir. Bu türbe Abdulvahabi Gazi Camii içerisinde bulunur. Şehzade Bayezit'in ölümünden sonra Bursa'ya nakledilen karısı bir kale içinde bekletilmiş ve yanında bulunan üç yaşındaki oğlu da öldürülmüştür.
Bayezit’in “Şahi” mahlasıyla yazdığı şiirleri, Türkçe ve Farsça şiirlerinden oluşan bir divanı vardır. Şiirlerinde saltanat arzusu, aşk, günahlarından bağışlanması için yakarış konularını işler. Babasından affını dilemek için yazdığı şiirleri ve babasının yine şiir olarak verdiği karşılıklar meşhurdur. Şehzade Bayezit olayından sonra, yeniçerilerin Anadolu’ya muhafız olarak yayılması ve şehzadelerden yalnızca en büyüğüne sancak verilmesi gibi idari değişikliklere gidilmiştir. Kendisine sadrazamlık vaadinde bulunan II.Selim’in tahta çıkmasını isteyen ve Bayezit’i babasına karşı isyana teşvik eden Lala Mustafa Paşa, ancak III.Murat zamanında yaklaşık 3 ay sadrazamlık yapabilmiştir.
